Lembaga tertinggi di Pondok Pesantren Wali Songo adalah yayasan bernama "Majlisu Riyastil Ma'had Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar" dengan sijil Notaris Widyatmoko, SH. Nombor 04, tarikh 13 Julai 1998. Berdaftar di Kepaniteraan Mahkamah Negeri Ponorogo nombor: 10/Pr/Non./1998.

Yayasan Majlisu Riyasatil Ma'had Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar adalah lembaga berbadan hukum yang bertanggungjawab terhadap penyelenggaraan pendidikan dan pengajaran serta usaha-usaha lain di Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar. Kuasa Majlisu Riyasatil Ma'had adalah menentukan segala macam perancangan dan kebijakan baik di bidang pendidikan dan pengajaran mahupun di bidang pembiayaan serta sarana pendidikan dan pengajaran. Tugas dari Majlisu Riyasatil Ma'had adalah bertanggungjawab atas kejayaan segala usaha pendidikan dan pengajaran yang diadakan oleh Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar.

Anggota Majlisu Riyasatil Ma'had terdiri daripada penerima amanat wakif dan alumni atau keluarga besar Pondok Pesantren Wali Songo yang Mu'taman dan memahami serta menghayati sunnah Pondok Pesantren Wali Songo. Terdiri sebanyak-banyaknya 15 orang.